A fű védelme: szisztematikus áttekintés

Jellegzetes fűvédő szerek aminosavszekvenciái. A cisztein maradványai sárga színnel, míg az azonos aminosavak ciánnal vannak ellátva. A cisztein maradékok [41], valamint a β-szálak (sárga) és az α-spirál (piros) közötti régióként definiált hurkokat az ábra mutatja. Fekete keret határolja a γ-magot.

A defenzinek 3D szerkezete: (A) búza γ1-purothionin (PDB 1GPS), (B) árpa γ-hordionionin (PDB 1GPT), (C) kukorica ZmD32 (PDB 6DMZ), (D) cukornád Sd5 (PDB 2KSK), (E) rizs OsAFP1 (PDB 6LCQ). A diszulfid-kötéseket vékony vonalak mutatják. Az N- és C-végeket N, illetve C jelöli. A másodlagos szerkezeti elemeket α-hélix és β-β-szál esetében jelöljük.

A fű defenzinek és defenzinszerű (DEFL) peptidek filogenetikus fája. Az érett DEFL-ek aminosav-szekvenciáit használtuk fel a filogenetikai fa felépítéséhez a MEGA X szoftverrel [88]. A Triticum spp. és az Aegilops tauschii kék négyzetekkel vannak jelölve, míg a Panicum spp. és a Setaria spp. rózsaszínű, illetve cián négyzettel vannak jelölve. Az O. sativa DEFL-jeit világoszöld körökkel jelölték, Z. pirosral, Sorghum bicolor sárgával, H. vulgare ibolyával, Avena sativa narancssárgával, B. distachyon zölddel, L. arenarius barnával, E. crus- fekete galli és Saccharum spp. fehér karikákkal. A következő rövidítéseket használják: TK— T. kiharae; TRITD— T. turgidum; TRIUA— T. urartu; BÚZA - T. aestivum; AEGTS— Aegilops tauschii ssp. strangulata; AEGTA— A. tauschii ssp. tauschii; AVESA— Avena sativa; SETIT— Setaria italica; SETVI— S. viridis; POAL— Panicum hallii; PANMI— P. miliaceum; MAIZE— Z. mays; LA— L. arenarius; OS— O. sativa; HORVV— H. vulgare; SORBI— Cirok biolor; BRADI— B. distachyon; SO— Saccharum spp. Megjegyzés: * és X azonos érett peptidekkel jelölik a DEFL szekvenciákat (*) és (X) fűfajokon belül (lásd az S3. És S4. Táblázatot). A rendszerindítást 1000-szer hajtottuk végre, hogy az egyes ágakhoz támogatási értékeket kapjunk.

A cirok defenzinek (A) Sialpha1 és (B) Sialpha2 3D szerkezeti modelljei, sablonként γ-hordotionin (PDB 1GPT) és γ1-purothionin (PDB 1GPS); rizs defenzin (C) OsDEF8 sablonként ZmD32 (PDB 6DMZ); kukorica defenzinek (D) y1-zeathionin, templátként γ1-purothionin (PDB 1GPS); (E) y2-zeathionin és (F) ZMES1, y-hordionioninnal (PDB 1GPT) templátként; (G) ZmDEF1 és ZmD32 (PDB 6DMZ) mint sablon; lyme-fű defenzin (H) La-D4, γ1-purotioninnal (PDB 1GPS) templátként; és az udvarfű defenzin (I) Ec-AMP-D1, sablonként ZmD32 (PDB 6DMZ). A modellezést SWISS-MODEL [91] alkalmazásával hajtottuk végre. A diszulfid-kötéseket vékony vonalak mutatják. Az N- és C-végeket N, illetve C jelöli. A másodlagos szerkezeti elemeket α-hélix és β-β-szál esetében jelöljük.

A füves defenzinek és a gombaellenes aktivitás szekvenciája. Az összehasonlításhoz a Defensins MtDef4, RsAFP1 és AtPDF2.3 tartoznak. A cisztein maradványai sárga színnel, míg az azonos aminosavak ciánnal vannak ellátva. A funkcionálisan jelentős maradványokat pirossal emelik ki [25, 79, 94, 95, 98, 99]. A gombaellenes tevékenység szempontjából fontos régiók alá vannak húzva. A β-szálak (sárga) és az α-spirál (piros) helyzetét az ábra alatt mutatjuk be. Fekete keret határolja a γ-magot. A γ-mag töltésértékei a jobb oldalon láthatók. A bal oldalon látható # szimbólum olyan gombaellenes és antibakteriális hatású peptideket jelöl.

A füves defenzinek szekvenciája az ioncsatorna blokkoló aktivitással. Az összehasonlításhoz az MsDef1 és az AtPDF2.3 defenzinek is szerepelnek. A cisztein maradványai sárga színnel, míg az azonos aminosavak ciánnal vannak ellátva. A funkcionálisan jelentős maradványokat pirossal emelik ki [53, 54]. A β-szálak (sárga) és az α-spirál (piros) helyzetét az ábra alatt mutatjuk be. Fekete keret határolja a γ-magot. A γ-mag töltésértékei a jobb oldalon láthatók.

A füves defenzinek és az α-amiláz gátló aktivitás szekvenciája. Az összehasonlításhoz a VrD1, a VuD1 és a TvD1 defenzinek tartoznak. A cisztein maradványai sárga színnel, míg az azonos aminosavak ciánnal vannak ellátva. A funkcionálisan jelentős maradványokat pirossal emelik ki [51]. A β-szálak (sárga) és az α-spirál (piros) helyzetét az ábra alatt mutatjuk be. Fekete keret határolja a γ-magot. A γ-mag töltésértékei a jobb oldalon láthatók.

Absztrakt

A defenzinek 3D-s szerkezete: (A) búza γ1-purothionin (PDB 1GPS), (B) árpa γ-hordionionin (PDB 1GPT), (C) kukorica ZmD32 (PDB 6DMZ), (D) cukornád Sd5 (PDB 2KSK), (E) rizs OsAFP1 (PDB 6LCQ). A diszulfid-kötéseket vékony vonalak mutatják. Az N- és C-végeket N, illetve C jelöli. A másodlagos szerkezeti elemeket α-hélix és β-β-szál esetében jelöljük.

A cirok defenzinek (A) Sialpha1 és (B) Sialpha2 3D szerkezeti modelljei, sablonként γ-hordotionin (PDB 1GPT) és γ1-purothionin (PDB 1GPS); rizs defenzin (C) OsDEF8 sablonként ZmD32 (PDB 6DMZ); kukorica defenzinek (D) y1-zeathionin, γ1-purothioninnal (PDB 1GPS) templátként; (E) y2-zeathionin és (F) ZMES1, y-hordionioninnal (PDB 1GPT) templátként; (G) ZmDEF1 és ZmD32 (PDB 6DMZ) mint sablon; lyme-fű defenzin (H) La-D4, γ1-purotioninnal (PDB 1GPS) templátként; és a gyepfű defenzin (I) Ec-AMP-D1 sablonként ZmD32 (PDB 6DMZ). A modellezést SWISS-MODEL [91] alkalmazásával hajtottuk végre. A diszulfid-kötéseket vékony vonalak mutatják. Az N- és C-végeket N, illetve C jelöli. A másodlagos szerkezeti elemeket α-hélix és β-β-szál esetében jelöljük.

A füves defenzinek szekvenciaillesztése ioncsatorna blokkoló aktivitással. Az összehasonlításhoz az MsDef1 és az AtPDF2.3 defenzinek is szerepelnek. A cisztein maradványai sárga színnel, míg az azonos aminosavak ciánnal vannak ellátva. A funkcionálisan jelentős maradványokat pirossal emelik ki [53, 54]. A β-szálak (sárga) és az α-spirál (piros) helyzetét az ábra alatt mutatjuk be. Fekete keret határolja a γ-magot. A γ-mag töltésértékei a jobb oldalon láthatók.