Az Omics fordítása az élelmiszer-mikrobiológiára

Élelmiszertudomány és technológia éves áttekintése

Vol. 8: 113-134 (Kiadás dátuma: 2017. február)
Először online, mint előzetes áttekintés, 2017. január 11-én jelent meg
https://doi.org/10.1146/annurev-food-030216-025729

Aaron M. Walsh, 1,2,3 Fiona Crispie, 1 Marcus J. Claesson, 2,3 és Paul D. Cotter 1,2

1 Teagasc Food Research Center, Moorepark, Fermoy, Cork, Írország; e-mail: [e-mail védett]

2 APC Microbiome Institute, University College Cork, Cork, Írország

3 Mikrobiológiai Iskola, University College Cork, Cork, Írország

Absztrakt

Ez az áttekintés az omikai technológiák élelmiszer-mikrobiológiai alkalmazását vizsgálja, elsődlegesen a nagy áteresztőképességű szekvenálási (HTS) technológiákra összpontosítva. Megbeszéljük az élelmiszerekhez kapcsolódó mikrobiális izolátumok és vegyes mikrobaközösségek vizsgálatára alkalmazható különböző szekvenálási megközelítéseket, és áttekintést nyújtunk az egyes megközelítésekhez megfelelő szekvenálási platformokról. Kiemeljük a genomika, a metagenomika és a metatranscriptika lehetőségeit, amelyek irányítják az élelmiszer-fermentációk optimalizálására irányuló erőfeszítéseket. Ezenkívül megvizsgáljuk az összehasonlító és funkcionális genomika alkalmazását a probiotikus hatás mechanizmusainak megértése érdekében, és leírjuk a HTS mint élelmiszer-biztonsági intézkedés alkalmazhatóságát. Végül megvizsgáljuk a HTS alkalmazását annak érdekében, hogy megvizsgáljuk a bevitt mikrobáknak az emberi bél mikrobiotájára gyakorolt hatásait.